Rumah yang berdebu

Halooooo.... apa kabar semuanya?? 

Oohh gosh....sepertinya sudah bertahun lamanya saya tinggalkan blog ini. Agakanya debu dan sarang laba-laba sudah bertebaran dimana-mana. Bukan saya tidak ingin menulis dan berbagi cerita, namun terlalu banyak hal yang saya lalui dan membuat saya mungkin cukup labil...*duileee... Well, intinya dilubuk hati terdalam saya rindu menulis blog dan berbagi pengalaman selama saya hidup di benua biru ini. Saya juga merindukan komentar para pembaca yang budiman baik itu komentar manis maupun pahit..*tsaahh.

Woops...apa kabar saya? Alhamdulillah saya sehat dan tambah gemuk, sampai harus beli celana baru dengan 2 ukuran diatas celana saya sebelumnya...hehee... nggak percaya kan? Mungkin efek PehaDe tahun terakhir kah?? >.< yep, ini tahun ke-empat saya menempuh pendidikan akademik tertinggi. Dalam waktu 6 bulan kedepan kontrak saya sudah habis daaannn.....semoga saya selesai tepat waktu. Perjalanan sekolah 4 tahun yang awalnya terasa sangat lama, namun sudah akan berakhir. Time flies...... true! Apa yang sudah saya kerjakan 4 tahun kebelakang? Hmmmm... apa ya?? Banyak si sebenernya, but.... yaaaa...setiap perjalanan PehaDe punya ceritanya masing-masing. Saat ini yang saya butuhkan adalah semangat seperti saat saya mulai perjalanan panjang ini dulu, 4 tahun lalu. Hingga saya tinggalkan rumah, yang akhirnya berdebu. Yap, semua akan indah pada saatnya. I do hope so. 

Kembali menulis setelah sekian lama sepertinya membuat otak dan hati saya kurang sinkron. Saya butuh penyesuaian lagi untuk memulai menulis dan membersihkan debu-debu rumah ini. Jadi, untuk saat ini cukup yang pendek dulu, semoga dalam beberapa minggu kedepan saya bisa lebih sinkron dan konsisten untuk menulis dan mewarnai serta membersihkan rumah saya ini yang sekian lama terbengkalai. Mohon semangat dan doanya pembaca semuanya.... :) 

Menyapa kembali

Hooii.....

Apa kabar kamu? Iya... kamu pemilik blog ini?? 

Hehehe... sepertinya saya harus meminta maaf lagi karena mengingkari janji untuk menulis dan berbagi cerita tentang kehidupan estiga di Londo ini..Tapi, Alhamdulillah sejak tulisan terakhir saya, perjalanan riset masih berlanjut. Kalo ada yang kangen dengan tulisan saya boleh juga lhoo sebenarnya rikues atau drop email ke saya, biar saya juga bisa dapat tanggapan dari semua pembaca budiman di seluruh belahan dunia...*pede

Ditemani OST dari film remaja "Dilan 1990", saya mencoba bercerita tentang riset saya beberapa bulan terakhir. FYI, angin Groningen hari ini begitu kencangnya, sehingga sangat cocok untuk menemani nostalgia SMA..*looh Boleh lah yaa... nostalgia SMA yang terjebak dalam kehidupan estiga...muehehehehe...  

Well...akhirnya saya memasuki tahun ketiga chapter #PhDgalau. Riset saya 2 tahun terakhir ini masih berkutat dengan optimasi dan membuat perangkat untuk mempelajari gen favorit saya, KMT2D. Apakah itu? Tak perlu lah saya jelaskan panjang kali lebar yaa... intinya gen ini mengkode enzim yang berfungsi pada modifikasi kromatin. Kalau pengen yang lebih lengkap boleh juga kok tanya mbah gugel.. ;) Selama kurang lebih 6 bulan terakhir kemarin saya sedang "mainan" dengan kloning untuk mengahsilkan molekul bernama short hairpin RNA. Molekul inilah yang akan saya gunakan untuk mempelajari fungsi sang gen favorit. Eksperimen ini namanya gene knockdown. Ini adalah eksperimen awal yang kebanyakan digunakan untuk mempelajari fungsi gen tertentu. 

Setelah proses kloning yang memakan kurang lebih 2 bulan, akhirnya molekul didapatkan dan bisa digunakan. Proses selanjutnya adalah memasukan si molekul ke dalam sel dengan transduksi lentivirus. Setelah molekul ini dimasukan dalam sel, maka sel bisa berwarna hijau karena ada molekul bernama GFP yang digunakan sebagai penanda dalam seleksi sel menggunakan metode sorting. Singkat cerita, eksperimen gene knockdown saya menunjukkan titik terang di sekitar bulan November, yang sangat mendekati presentasi tahunan kedua. Fiiuuuuhhh..... *lap.keringat...Alhamdulillah... 

Menjelang libur Natal, saya dievaluasi oleh supervisor dan seorang independen assesor. Sebelum evaluasi, saya diminta untuk membuat garis besar (outline) buku thesis saya nantinya. Mungkin sebenarnya ini masih terlalu cepat, mengingat dua tahun selanjutnya masih sangat mungkin ada hasil lain yang lebih menarik. Tapi tidak apa, yang penting saya sudah ada gambaran akan jadi seperti apa buku thesis saya nanti. Itung-itung latihan dulu lah yaaaa.... biar klo sudah saatnya tiba sudah mantab untuk melangkah...*hiisshh..:P 

Mengawali 2018, saya bersyukur sekali hasil evaluasi menunjukkan tanda-tanda positif, yang artinya saya akan bersama dengan sang gen favorit hingga menyelesaikan estiga nanti. PR si tetap masih ada, tapi paling tidak sudah ada setitik terang untuk melangkah dan melihat garis finish...Alhamdulillah... 

Daaannn..... minggu ini adalah cukup dag dig dug sebenarnya...karena saya sedang mengerjakan eksperimen sampingan yang kalau hasilnya bagus bisa saya gunakan juga untuk menambah data. Sebenarnya eksperimen tidak begitu sulit, namun butuh waktu yang panjang, karena saya harus mengisolasi sel primer dari mencit. Empat hari lalu saya harus mengambil otak mencit dan mengisolasi sel-nya sendirian. Cukup grogi juga karena sudah lama sekali saya tidak melakukan pekerjaan ini. Tantangannya adalah harus tega dan menggunakan alat bedah mikro yang digunakan dibawah stereotatic microscope. Butuh sekitar 10 menit untuk mengambil otak mencit dengan benar, padahal saya punya delapan mencit usia tujuh hari. Agak susah tapi alhamdulillah bisa melaluinya. Setelah isolasi sel, langkah selanjutnya adalah gene knockdown. Sore ini saya ke lab daaannn....such a real mood boosteri!!! yeeaaayyyy.....eksperimen #1 sukses!!!! seneng-seneng dag dig dug gitu... :P Saya emailkan hasilnya ke spv dan mari kita tunggu responnya.... ;) 

Begitulah.... 

Sampai jumpa di cerita-cerita syedap selanjutnya... 

Eksperimen….eksperimen…eksperimen….dan eksperimen…

Judulnya panjang ya… dan diulang-ulang.. Kira-kira kalau pembaca yang budiman dihadapkan pada sesuatu yang panjang dan berulang-ulang, merasa bosan atau tidak? Apalagi pengulangan yang pada titik akhirnya belum tentu menemukan jawaban atau istilahnya ngambang.

Mungkin itulah yang saya rasakan dalam 6 bulan terakhir. Saya melakukan sesuatu yang berulang-ulang, namun belum menemukan jawaban dari pertanyaan yang ada.

Pusing? Sayapun juga begitu, dihadapkan pada sesuatu yang tidak pasti tentu membuat pusing dan harus berpikir dan berpikir. Mungkin itu hakikat dasarnya sekolah S3. hehehehhehe......

Jadi, di tahun kedua sekolah PehaDe ini saya mulai bermain -lebih tepatnya bereksperimen- dengan yang namanya genetic engineering. Makanan apakah itu?? hohohooo... ini bukan makanan! ini sebuah proses untuk memanipulasi gen, sehingga menghasilkan produk yang dapat digunakan untuk riset selanjutnya. Agak sulit dipahami ya?? Mudahnya, riset saya ini kan mempelajari suatu enzim. Namun enzim ini tidak mudah dideteksi, alat deteksinya sangat terbatas. Sehingga saya ingin memanipulasi gen yang mengkode enzim ini, agar nantinya mudah dideteksi. Proses manipulasi ini menggunakan teknik yang bernama CRISPR, apa itu? Tak perlu lah saya jelaskan panjang dan lebar karena di Pubmed sudah tersedia dengan komplit...plit..plit.... :) Nah, sekarang tinggal bagaimana aplikasinya pada eksperimen saya, apakah berhasil atau gagal. Saya sangat berharap si berhasil agar dapat digunakan untuk mempelajari si enzim spesial ini secara lebih detail dalam sistem biologi. 

Semoga yaaa... mohon doanya.... 

Tapi disisi lain saya juga punya batas waktu hingga akhir tahun kedua. In worse case mainan saya ini gagal yaaaa....saya belajar yang lain....Mengapa? karena belajar enzim yang spesial ini sepertinya tidak mudah. Belum banyak literatur yang membahas enzim ini, tidak sampai 100 jurnal di Pubmed. Positifnya, sebenarnya, kalau saya bisa menghasilkan data yang bagus dengan mempelajari enzim ini, nama saya bisa nongol lagi deh di Pubmed..*cetek.banget.ya.cita-citanya.... :P Biarlah, yang penting saya bahagia dan tidak stres...hehehehe.... 

 

Knock...knock....

Hellaaawww..... kemana saja kamu #PhD galau???

Yaa ampuunnn..... blog ini sudah penuh sawang (jaring laba-laba) sepertinya...maafkan... huks... :( katanya rumah aja kalo ndak ada yang ngisi atau ditinggali banyak sawangnya..apalagi hati.... *loh.gak.nyambung... :P

Well....sabarrrrrr.... tunggu yaaa para pembaca yang budiman ataupun yang sekedar mampir..... dalam beberapa hari kedepan akan saya update lagi perjalanan #PhDgalau... so...stay tune... :D

Salam rindu dari #PhDgalau yang sedang mengalami summer blues... ;P

Satu tahun pun berlalu

Haaaaaaaaaiiiiiiiiiiiiiiiiiiii....................*tengak-tengok.temlen.

Yaaaaa ampuuunnnnnn rasanya sudah seabad gak nulis, hingga tahun pun berganti. Terakhir nulis itu habis presentasi SALL meeting yang menandai bahwa saya sudah bergelut dengan project MLL2 selama setahun...haaa??? SETAHUN ??!! Iyaaa... setahun...gak terasa yaaa.... rasa-rasanya baru kemaren saya dapat beasiswa terus menikmati keceriaan dan kedudulan PK yang memperkenalkan saya dengan berbagai awardee dari seluruh penjuru Indonesia. Yap, waktu pun berjalan dan saya pun akhirnya sudah setahun terdampar di kota pelajar yang terletak di ujung utara negeri kumpeni ini, Groningen. Setelah melewati libur akhir tahun dan escaping winter ke Indonesia, hidup sebagai PhD student harus berlanjut! 

Hei..apa kabar PhDlife, by the way? 

Well, setelah setahun berjalan, saya mulai merasakan bagaimana naik turunnya kehidupan sebagai mahasiswa S3, yang notabene dituntut untuk lebih mandiri, baik dalam pemikiran maupun eksekusi lapangan, dalam hal ini untuk saya adalah pekerjaan lab. Seperti supervisor saya bilang "You do what the supervisor tells you". Tampaknya kalimat ini benar adanya. Saya masih merasa banyak mengikuti saran, masukan, atau mungkin apapun yang dikatakan supervisor terkait project yang saya kerjakan. Dan akhirnya beberapa waktu ini saya mulai merasa bodoh dan wawasan saya begitu sempitnya.  Saya belum mampu untuk berargumen dengan supervisor ketika harus progress report maupun weekly meeting. Analisis saya masih begitu cethek-nya sampai saya harus banyak dibantu untuk membuat cerita yang masuk akal dalam persiapan presentasi lalu. Hmm... memang menjadi mahasiswa S3 itu tidak mudah dan harus dijalani dengan penuh kesabaran. 

Jadi ceritanya semalam saya diundang untuk makan malam bersama dengan Wakil Rektor Akademik UGM, Prof. Iwan. Beliau hadir ke Groningen untuk ujian disertasi salah seorang mahasiswa Indonesia hari ini. Kepada kami berlima beliau bercerita kehidupan PhD student di jamannya vs PhD student sekarang. Dari segi akses, saat ini PhD student tidak perlu merasa takut lagi karena akses informasi yang dibutuhkan untuk kelancaran studi sudah tersedia cukup luas. Masalahanya adalah sebagai PhD student, kita harus bisa memilih dan memilah innformasi mana saja yang relevan dengan riset yang sedang dijalani. Yang lebih menarik dari kehidupan PhD Prof. Iwan adalah, semangat beliau untuk menyelesaikan disertasi dengan data pasien sebanyak hampir 3200 dan selama menjalani kehidupan PhD beliau bekerja dari pukul 7 pagi hingga menjelang tengah malam. Bisa dibayangkan bagaimana menguras pikiran juga hati menjadi mahasiswa S3 itu. Kalau tidak benar-benar tahan banting dan tahan dengan segala tekanan, bisa remuk sudah. 

Dan hari ini, saya diberikan contoh nyata PhD student yang telah menyelesaikan masa studi dengan sempurna dalam 3.5 tahun dengan jumlah publikasi yang cukup memuaskan, membuat momen PhD defence tadi menjadi bagian paling sakral dalam perjalanan sekolah yang tak menentu ini. Saya pun hanya bisa berharap, menjalani, dan terus berusaha, semoga di tahun kedua jalan saya untuk mencapai gelar akademik tertinggi ini semakin jelas dan nyata. Namun, lebih dari itu, semoga apapun dan semoga semua ilmu yang saya dapatkan disini menjadikan manfaat untuk semua aspek sekecil apapun itu. Semoga...... 

Salam dari Khroningen yang mulai menghangat      

Dikejar presentasi

Fiiuuuuhh... akhirnya bisa nulis lagi... :) 

Well, setelah Oktober lalu saya dikerjar eksperimen, dalam dua bulan terkakhir ini saya dikejar presentasi....(terus kapan dong dikejar mas ganteng?? *malah.curhat... :P) Hahahhahaaha..... hidup PhD nggak melulu harus spaneng kok..humor dan ngode juga perlu...*maafkan..hehehhe

Oke..fokus.... 

Jadi, selama semester ini, saya ingat betul, setiap bulan saya harus presentasi dua kali dalam beberapa meeting berbeda. Mulai dari work discussion, journal club, course hingga annual presentation. Wooww! sampai koleksi ppt.file saya melimpah...Untuk 1x presentasi paling tidak saya akan menghabiskan waktu sekitar 30-45 menit dengan waktu pembuatan maksimal 1 minggu. Padahal untuk membuat presentasi, saya harus punya hasil dari eksperimen. Dan 1x eksperimen membutuhkan waktu paling tidak 3-4 minggu. Fiuhh... jadi untuk work discussion, terkadang saya belum ada kemajuan yang berarti. Sedih rasanya kalau presentasi tapi belum ada data yang bisa bercerita. 

Namun, akhirnya saya bisa bernafas lebih lega karena sudah melewati annual presentation dengan pujian dari supervisor dan beberapa kolega. "So, well done, Inna! Very nice and clear presentation! you did it! I know you will be fine and nothing to worry about." kata supervisor saya. Yap, topik riset yang saya ambil memang cutup "menantang" dan saat menegetahui kalau bulan Desember ini saya harus presentasi, saya tidak ada ide untuk menghubungkan beberapa eksperimen yang sudah saya lakukan. Data yang saya dapatkan semacam kurang meyakinkan dan pastinya un-publishable. Di sin lah saya merasa sedih dan tidak yakin apa topik ini nantinya akan memiliki masa depan? Sungguh saya tidak yakin dan kurang percaya diri untuk mempresentasikan hasil eksperimen saya. Tapi, apa mau dikata, saya sudah dapat slot untuk presentasi. Jadi yaaaa..... mari dicoba... :D 

Benar saja, butuh waktu sekitar 2 minggu untuk merangkai hasil eksperimen menjadi sebuah cerita yang cukup logis, runut, dan scientific. Browsing sana-sini, baca, diskusi, ngolah data yang ada, akhirnya jadi juga dan make sense. Dan waktu presentasi, dapat pertanyaan dan masukan dari audience. FYI, presentasi ini disebut SALL meeting yang terdiri dari 4 departemen dengan jumlah audience sekitar 30-40 orang. Komposisi audience adalah profesor, post doc, MD, PI, Phd student, internship student, dan technician. Lengkap sudah. Grogi?? jangan ditanya. Sejak seminggu sebelum presentasi saya sudah mulai gugup dan khawatir akan seperti apa nanti. Apalagi saya adalah PhD student tahun pertama yang notabene belum punya banyak data yang bisa bercerita. Namun, semua kekhawatiran berakhir dan mulai tenang saat akhirnya saya mempresentasikan hasil kerja saya satu tahun ini (padahal belum officially satu tahun). Bersyukur rasanya sudah melalui jatah presentasi ini dan liburan dengan tenang. 

Yap, meskipun minggu depan masih ada satu lagi jatah presentasi, tapi kali ini bisa lebih tenang dan tidak terlalu grogi karena presentasi untuk journal club. 

Dengan adanya annual presentation, setelah liburan nanti saya akan masuk tahun kedua.... 

Time flies...............................

salam dari Groningen yang berkabut! 

Dikejar eksperimen

Hellooooo..... it's me................................... (ala mbak Adele.. :P)

Hari ini rasanya kepala mau pecah dan bingung harus memulai darimana..wheeww....... 

Jadi minggu lalu ceritanya saya kabur ke Andalusia selama 4 hari ples 2 hari perjalanan. Jadi seluruhnya 6 hari. Dan selama itu otomatis saya tidak punya eksperimen. Karena ini adalah hari Senin, dan tiap minggu saya ada meeting dengan supervisor, mau tidak mau saya harus kasih progress dong, apapun itu. Mau progress e banyak atau sedikit pokoknya lapor. Nah, karena saya melarikan diri, progress hari ini sebenernya tidak terlalu banyak. Tapi ternyata kebalikannnya, meeting yang tadinya saya pikir akan kurang dari 1 jam, akhirnya jadi 1,5 jam lebih. Actually, sebelum cuss kemaren saya sempat mendapatkan sampel pediatric brain tumor juga membereskan optimasi PCR untuk immortalization plasmid. Sekembalinya ke lab, langsung deh dapat sampel tumor lagi dan mencoba digesti untuk kloning. Yap, karena klonang-kloneng saya tidak beres-beres sejak sebelum puasa, jadilah supervisor membahas detail hingga back up plan yang harus saya lakukan agar klonengan ini berhasil. Waakkkssss.........ngeeekkk.............*inhale

Seneng si sebenernya diperhatikan supervisor, ditanya apa kendalanya dan dikasih masukan bagaimana menyelesaikannya. Selain itu, diajak diskusi juga sekalian cross check apa pemahaman saya tentang suatu hal sudah cukup logis atau malah jauh melenceng. Well, tapi yang membuat saya pening, hari ini supervisor cek ricek juga di catatan perkembangan saya dengan menanyakan beberapa eksperimen yang seharusnya sudah mendapatkan data sejak sebulan lalu. Namun, karena satu dan lain hal eksperimen itu belum saya kerjakan (merasa bersalah). Untuk mendapatkan 1 data yang bisa bercerita itu rasanya penjang sekali perjalanannya, banyak sekali tahap yang harus dilalui untuk akhirnya sampai pada hasil. Sebagai contoh, untuk mainan kloneng saya harus digesti, purifikasi, ligasi,transformasi, miniprep, isolasi dan konfirmasi. Nah di tahap miniprep harus dikonfirmasi apakah gen yang diinginkan ada atau tidak. Jika tidak ada maka harus mengulang dari langkah pertama. Kalau ada maka dilanjutkan dengan sequencing untuk validasi akhir sebelum ekpansi menjadi midiprep.  

Teet..toot.....setelah meeting kepala saya rasanya penuh bukan kepalang. Padahal hari ini pun saya punya eksperimen yang pengen saya dapat hasilnya juga. Running hasil PCR untuk genotyping, cek kultur tumor yang sudah ditransduksi gen largeT dan harus dihentikan karena jenis tumornya bukan yang diharapkan. Sampai sore tadi saya bingung, mana dulu eksperimen yang harus dikerjakan. FYI, saat ini saya mengerjakan 2 project berbeda dengan subproject yang pokoknya yahud deh... doakan saya yaaaa supaya bisa menyelesaikan sesuatu sesegera mungkin. Supervisor saya sudah iming-iming publikasi soalnya.....*ngimpi

*Finger crossed*